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Apport des données d’expression génique à la cartographie de quantitative trait loci (QTL).

Le : 29/06/2011 11h00
Par : Xiaoqiang Wang (INRA Rennes)
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Résumé : La recherche du polymorphisme causal d'un QTL est une étape encore longue et difficile dans la plupart des espèces d'animaux domestiques. Dans ce cadre, ce travail porte sur l'intégration d'informations à haut débit sur l'expression des gènes dans un tissu. La démarche traditionnelle consiste à détecter des QTL sur ces données d'expression de gènes (détection de eQTL) en mettant en oeuvre, gène par gène, des méthodes de cartographie d'intervalle. Hors, il apparaît qu'il existe un biais sur la position estimée des QTL, biais aboutissant sur ces données de grande dimension à un nombre anormalement élevé de eQTL détectés sur les positions des marqueurs. La première partie de ce travail vise à caractériser ce biais afin de proposer des itinéraires pour mieux le maîtriser. Les paramètres affectant le biais sont étudiés par des tests non paramétriques, puis un algorithme pour améliorer l'estimation de la position du QTL dans un cas simple est proposé. Dans une seconde partie, nous nous intéressons aux eQTL co localisant avec un QTL. Notre objectif est de réduire la liste des eQTL colocalisant avec un QTL afin de permettre le passage à une étude individuelle de ces gènes. Dans ce contexte, nous signalons les conditions favorables pour assurer l’efficacité des méthodes de régression existant dans la littérature. Nous proposons ensuite des méthodes permettant de lever ces éventuelles conditions.