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Estimations de temps évolutifs pour des modèles de substitutions avec interaction entre les sites.

Le : 29/04/2010 10h00
Par : Mikael Falconnet (Université Joseph Fourier Grenoble)
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Résumé : Après un bref rappel sur les objectifs de la phylogénie, nous présenterons le modèle de Jukes et Cantor et introduirons les outils statistiques et probabilistes qui permettent d'estimer des temps d'évolution pour des séquences d'ADN régies par ce modèle. Nous détaillerons ensuite le modèle de Jukes et Cantor avec influence du voisinage qui prend en compte le phénomène de méthylation des dinucléotides CpG dans le génome des mammifères et nous montrerons comment il est possible d'estimer des temps évolutifs pour ce modèle.